Rudolf Stichweh hat bereits am Anfang seiner wissenschaftlichen Laufbahn begonnen, mit den konzeptuellen Mitteln der soziologischen Differenzierungstheorie an einer Strukturgeschichte des Wissenschaftssystems und der europäischen Universitäten zu arbeiten. Diesen Themen waren seine ersten beiden Bücher (zur Physik des 18./19. Jhs. und zu Staatsbildung und Universitäten in der frühen Neuzeit) gewidmet, und er wird diese Forschungsrichtung in den nächsten Jahren erneut intensivieren, und dies in einem umfangreichen Projekt, das das Größenwachstum und die Problemgenese im Wissenschaftssystem der Moderne aus den Beziehungen des Systems zu seinen innergesellschaftlichen Umwelten zu erklären versuchen wird.

Ein zweiter für ihn zentraler Problemkomplex sind Arbeiten zur Evolution der Weltgesellschaft. Diese Arbeitsrichtung verknüpft das Interesse an einer eigenständigen Theorie soziokultureller Evolution mit einer Makrohistorie menschlicher Gesellschaften, die von der Besiedlung aller Naturräume der Erde durch Mitglieder einer kleinen Gruppe von Hominiden (Homo Sapiens) bis zu der durch globale, hochspezialisierte Funktionssysteme bestimmten Weltgesellschaft der Gegenwart reicht. Er verbindet dies mit Forschungen zur Sozialgeschichte der ‚Fremden‘, die es in fast allen diesen Gesellschaften als Irritation von außen gab.

Stichweh arbeitet drittens im Rahmen des Instituts für Demokratieforschung, das er in Bonn leitet, an einer Theorie politischer Regimes der gegenwärtigen Welt, die von der Bipolarität demokratischer und autoritärer Regimes als zwei Varianten der Moderne ausgeht, aber diese Bipolarität aus einer Weltpopulation elementarer politischer Strukturen und Prozesse hervorgehen läßt. Auf diese Population von Strukturen/Prozessen greifen sowohl demokratische wie autoritäre Regimes in nationalen oder imperialen Formen politischer Strukturbildung selektiv zu. Spezifisch modern ist die Inklusion fast aller Mitglieder in diese politischen Geschehnisse und deshalb ist die soziologische Theorie der Inklusion/Exklusion von großer Bedeutung für dieses Vorhaben.